肛腸科作為大同馬應龍肛腸醫院的主要科室，建于1994年，有20多年的悠久歷史。科室擁有全國肛腸學科名醫工作室3個，全國中醫肛腸學科知名專家4人。截止到2104年底，接診患者達10萬余人，手術治療康復患者近3.5萬余人。

科室特色治療：擅長高位復雜性肛瘺、復雜環狀混合痔、肛門直腸周圍膿腫、陳舊性肛裂、直腸脫垂、先天性直腸肛門畸形等治療，新引進的肛門直腸測壓、生物反饋治療儀等對便秘患者有較好療效。